除了上述三種大宗品種之外，目前也發展出了豐富的基因群以及混種品種，據美國科學人雜誌報導，目前已知主要的可可品種已有十多種。
台灣可可品種
台灣所栽種的可可品種也包含了上述三種：Criollo、Forastero、Trinitario。
可可的品種雖然可以依照外觀作粗略的判斷：樹形、葉形、果形和果色，甚至是可可樹的花，都可以作為品種判斷的參考。但要準確的判斷，還是得比對可可樹的基因。
目前台灣在可可的品種鑑別研究上尚未成熟，大多數的台灣巧克力及可可豆，都混雜著不同品種。
由於結合了不同品種的優、缺點，搭配屏東得天獨厚的栽種環境，以及愈發別出心裁的可可豆發酵方式，台灣可可豆/巧克力也發展出了屬於自己的風味。
品種與風味
可可風味從產地、種植環境的差異，到發酵、烘焙、加工的方式不同，也發展出了各種不同的香氣與味道，就跟咖啡、紅酒的風味一樣，是門很有深度的學問喔！
根據國際可可組織World Cocoa Foundation的研究（Ref1），由下圖我們可以看到不同區域栽種的可可豆，表現出不同的風味。
該研究將可可風味分為「可可味」、「苦味」、「酸味」、「焦味」、「果香味」、「堅果味」、「泥土味」及「澀味」。